- Szczegóły
- Odsłony: 1212
W celu zbadania wytwarzanych przez komórki organizmu F1 białek zdecydowałeś się przeprowadzić nadekspresję odpowiedniego genu i obróbkę uzyskanego w ten sposób produktu. Podstawową techniką utworzenia elementu genetycznego, który umożliwiłby otrzymanie białka w odpowiedniej ilości, jest skonstruowanie układu badawczego na matrycy wybranego plazmidu. Poniżej przedstawiono wygenerowaną w systemie komputerowym mapę plazmidu z zaznaczonymi sekwencjami rozpoznawanymi przez enzymy restrykcyjne.
[więcej o enzymach restrykcyjnych możesz przeczytać w katalogu misji]
mapa plazmidu pMA-UW-1
Planowanie konstruktu
W celu wykonania konstruktu ekspresyjnego należy w odpowiednie miejsce (zazwyczaj w obrębie regionu MCS - na rysunku zaznaczonym błękitnym prostokątem) wprowadzić pełną sekwencję genu. Sekwencję tę można uzyskać metodą PCR, w której zastosowane startery zawierają ulokowane terminalnie sekwencje rozpoznawane przez odpowiednie enzymy restrykcyjne.
[więcej o reakcji PCR możesz przeczytać w katalogu misji]
[więcej o enzymach restrykcyjnych możesz przeczytać w katalogu misji]
Poniżej przedstawiono sekwencję fragmentu genomu organizmu F1, w którego obrębie lokalizuje się analizowany gen qieA.
Fragment genomu organizmu F1 z zaznaczoną sekwencja genu qieA
DALEJ
- Szczegóły
- Odsłony: 1065
Przeprowadzone na szybko sekwencjonowanie fragmentu genomu wykazało obecność genu qieA, którego produktem jest prawdopodobnie rozpuszczalne w wodzie białko enzymatyczne wydzielane na zewnątrz komórki (białko sekrecyjne). Na podstawie sekwencji genu odtworzono możliwą strukturę białka. Analiza roztworu otaczającego hodowlę komórek organizmu F1 pozwoliła na wyizolowanie z niego kilku białek katalitycznych. Wśród nich znajduje się poszukiwany produkt genu qieA.
[więcej o modelowaniu białek możesz przeczytać w katalogu misji]
model przewidywanego białka sekrecyjnego
model wyizolowanego białka NM13-X1
model wyizolowanego białka 12S-1-XX
model wyizolowanego białka X1-SF12
model wyizolowanego białka QA-1-2-P1
DALEJ
- Szczegóły
- Odsłony: 633
Mikroorganizmy wykorzystujące siarczany jako końcowe akceptory elektronów nazywane są redukującymi siarczany. Są to na ogół bezwzględne beztlenowce, które do wzrostu potrzebują źródła węgla organicznego. W dysymilacyjnej redukcji siarczanów uczestniczy szereg białek błonowych i wodór, który może być pobierany ze środowiska lub pochodzić z metabolizmu wewnątrzkomórkowego. W procesach tych najważniejsze jest utworzenie gradientu elektrochemicznego w poprzek błony, który następnie napędza enzym syntetyzujący uniwersalne przekaźniki energii chemicznej.
Badany przez Ciebie organizm został wyizolowany ze środowiska bogatego w związki siarki, które są produktem lub substratem w metabolizmie oddechowym organizmu P1. Umieszczenie hodowli pobranego organizmu w uniwersalnej pożywce sprawiło, że w otaczającym komórki środowisku zabrakło pewnych związków niezbędnych do prawidłowego wzrostu i rozwoju komórek.
[więcej o metabolizmie jednokomórkowców możesz przeczytać w katalogu misji]
Jaki związek musisz dodać do hodowli komórek w celu utrzymania ich metabolizmu beztlenowego?
> siarka atomowa
> jon siarczkowy
> jon kwasu siarkowego (IV)
> siarkowodór
- Szczegóły
- Odsłony: 950
Intensywne podziały komórek doprowadziły do częściowego wyczerpania składników odżywczych w pożywce. Analizy naturalnego środowiska życia organizmu P1 pozwoliły na wskazanie aminokwasu, który jest niezbędny do prawidłowego wzrostu i rozwoju hodowli. Aminokwas ten ma wzór sumaryczny, nie posiada pierścienia aromatycznego ani nasyconego, jednak w jego łańcuchu bocznym wykazano prawdopodobieństwo znalezienia się wiązania nienasyconego C=C.
[więcej o aminokwasach możesz przeczytać w katalogu misji]
Wybierz właściwy aminokwas:
> tortaksyna
> cyklosan
> limertyna
> trans-cefaksynazyna
- Szczegóły
- Odsłony: 596
Prócz dotychczas badanej przez Ciebie próbki (w raporcie nadano jej oznaczenie P1) w laboratorium na analizę czeka jeszcze kilka izolatów pobranych z innych stref jeziora, a ich osady pokrywające skały charakteryzowały się odmiennymi kolorami. W celu zaoszczędzenia czasu decydujesz się wykorzystać metodę hybrydyzacji, która umożliwi Ci szybkie określenie, czy w pozostałych próbkach również znajdzie się organizm P1. Zsekwencjonowany wcześniej odcinek genu może stanowić dostatecznie dobry marker. Pierwszym krokiem jest więc zaprojektowanie sondy, która wykazywałaby powinowactwo do poszukiwanej sekwencji.
poszukiwana sekwencja: QQQYXPQYPPXYQQYPPXXQYPQXYPYPYP
[więcej o technice hybrydyzacji kwasów nukleinowych możesz przeczytać w katalogu misji]
Proponowana sekwencja sondy:
> PPXYQQYP
> PYQQYXPP
> QXXYPQXY
> QQYXPPXQ
Strona 3 z 14
